Como fazer:
Acesse o menu Enotas > Arquivo > Configuração E-Notas.
Observe que a opção Não reter impostos para outros municípios está disponível na tela.
Marque-a e clique em Gravar.
Ao marcar essa opção as gerações das notas fiscais pelo e-Notas, quando o código do município da empresa emissora for diferente do tomador de serviço, o imposto não será retido.