Como fazer:

Acesse o menu Enotas > Arquivo > Configuração E-Notas. 

Observe que a opção Não reter impostos para outros municípios está disponível na tela.

Marque-a e clique em Gravar.

Ao marcar essa opção as gerações das notas fiscais pelo e-Notas, quando o código do município da empresa emissora for diferente do tomador de serviço, o imposto não será retido.